常設展示室

常設展示室は，洞窟を模した導入部のトンネルと７つのテーマからなります。苗木地方の鉱物や「長島鉱物コレクション」をはじめ，さまざまな岩石・鉱物とともに，その性質や生活との関わり，地域の地質などについて展示しています。

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企画展示室

企画展示室では，鉱物博物館の企画展だけでなく，みなさんの自然に関わるコレクション・写真などを公開していただける『私の展示室』など，いろいろな展示を開催します。

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レファレンスコーナー

レファレンスコーナーでは，地球科学・自然関連の図書やほかの博物館の情報（印刷物）を自由に閲覧することができ，閲覧用の机でゆっくりと調べものをすることもできます。
書籍だけでなく，北関東から近畿までの地形図（2万5千分の1地形図）も常備してあります。
観察用の鉱物標本・岩石標本もあり，受付に申し出ていただけば手にとって観察することができます。中津川市内の川原の石の標本もありますので，自由研究などにも活用していただけます。

研修室・実習室

研修室は最大80名を収容できます。
実習室は最大40名までの実習ができます。実体顕微鏡や偏光顕微鏡を使って，岩石や鉱物についてより深く学ぶことができます。
博物館の教室・講座も通常この実習室で行なっています。

きらら広場・水晶広場

きらら広場は鉱物と親しむプレーゾーンです。「かんかん石」とも呼ばれるサヌカイトでつくった「石の楽器」や，長石の双晶の結晶模型を組み立てる「結晶の積み木」があります。石の楽器はとても澄んだ美しい音がします。
屋根があるので，雨天でも遊んだり休憩したりできます。雨天時のストーンハンティングはここで行ないます。
水晶広場は博物館前のバス駐車場横にある広場です。ストーンハンティングができます。

ミュージアムショップ「水晶の森」

ミュージアムショップでは，各種の鉱物標本をはじめ，ルーペや整理用の標本箱，書籍などを販売しています。
展示解説書や企画展の図録など，博物館の出版物も購入できます。

フィールド「夜明けの森」

鉱物博物館は，岐阜県の生活環境保全林「夜明けの森」の入口にあります。「夜明けの森」には植樹された樹木の名前をつけた散策路が整備されています。

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多目的トイレ

館内・屋外トイレとも，多目的トイレがあり，オムツ交換のできるベビーシートも備え付けられています。

駐車場

駐車場は無料でご利用いただけます。一般駐車場は約80台を収容できます。
博物館入口前には，2台分の身障者用駐車場と4台分のバス駐車場があります。